嘉靖帝从成为皇帝的那一刻起，就开始利用自己对权术的天才理解，玩弄无数人于股掌之间。
公元1521 年，明武宗正德皇帝朱厚照突然死亡，并且没有留下继承皇位的太子；太后和大臣们几经斟酌，决定由最近支的皇室、明武宗的堂弟———兴献王世子朱厚熜（音cong，读“囱”）继承皇位。朱厚熜的父亲（兴献王朱祐杬）就藩于湖广安陆州（今湖北钟祥），与明武宗朱厚照的父亲（明孝宗朱祐樘）是亲兄弟。
是时，朱厚熜年方十五。北京使团到安陆后的第6 天，朱厚熜踏上北去路程。跟北京使团只用12 天就赶到安陆不同，朱厚熜花了近20天，才走完相同的路程。尽管前后已有一个多月国家无主，举国翘首企盼新君早日莅临，但年方十五的朱厚熜显得相当沉稳，他知道，此时不宜表现出任何急切的心情。
朱厚熜到京后，暂驻城外，静候朝廷出具有关他继位的礼仪细节。当有关安排呈上时，朱厚熜怫然不悦：由首辅杨廷和会同礼部商议的方案，是朱厚熜将以“皇太子”身份继位为君。这意味着，在登基之前，朱厚熜须先完成成为皇太子的仪式，然后再择日加冕为皇帝。
15 岁的少年以一种与其年龄不相称的政治敏感，立刻表示拒绝。他说：遗诏说得很清楚，我将直接即位为君，丝毫不曾提及需要先立为皇太子之事。朱厚熜斩钉截铁地将继位方案退回礼部，命其重拟。对此，当朝首辅杨廷和出乎意料，率群臣以上疏的方式，敦促朱厚熜接受和履行礼部所拟程序。朱厚熜再次加以断然拒绝，双方僵持不下。
国家无君一月有余，新君明明已迎奉来京。却迟不即位。这种局面拖不得，拖下去，人心浮动，乱由隙起，不知会发生什么事。朱厚熜吃准了这一点。无形中，他以国家为质，来逼迫对方满足自己的条件。
最终，双方达成妥协：新君直接入宫；在派遣官员为代表告于太庙和社稷坛的同时，新君本人前往武宗灵前谒见，然后叩拜张太后；做完这两件事，就直趋奉天殿（即今太和殿，民间俗谓“金銮殿”）。此仪式从实质上省却了取得皇太子身份的环节，而直接临朝称制。
在握嘉靖帝上朝不久，就发动了一个“大礼议”的政治运动，把朝廷上下官员全部牵扯进去了。
当时，嘉靖帝下令群臣议定明武宗的谥号及生父的主祀及封号。以内阁首辅杨廷和为首的朝中大臣援引史上先例，认为嘉靖既然是由小宗入继大宗，就应该尊奉正统，要以明孝宗朱祐樘（注：嘉靖帝的伯父）为皇考，而将兴献王朱祐杬（注：嘉靖帝的父亲）改称“皇叔考兴献大王”，母妃蒋氏为“皇叔母兴国大妃”，祭祀时对其亲生父母自称“侄皇帝”。
对嘉靖帝而言，这绝对是不可接受的，双方产生僵持。公元1524 年，200 多个官员一起向嘉靖帝抗议，强迫他不许认自己亲爹，嘉靖大发脾气，这些官员被罚廷杖，结果16 个人被当场打死，134 人被关押起来。
当时，新科进士张璁上疏支持世宗，认为朱厚熜即位是继承皇统，而非继承皇嗣，即所谓“继统不继嗣”，皇统不一定非得父子相继。张璁建议朱厚熜仍以生父为考，在北京别立兴献王庙。朱厚熜见此奏章后大喜。
嘉靖皇帝与杨廷和为首的文官集团进行的长达5 年的“大礼议”之争，最后以君权的高压结束。反对“大礼议”的内阁首辅杨廷和最终被罢官。经过“大礼议”之争，朱厚熜已经羽翼丰满，他体会到了如何行使皇权的无上威严，此后变得独断独行。
