和澳门中联办一样，作为正部级机构的中联办，在很多人看来都是从2000年1月18日挂牌至今。实际上它的历史远早于1978年成立的中共中央港澳办，甚至早于建政。
香港中联办的前身是1947年5月成立的新华社香港分社，首任社长就是后来的中国外交部长乔冠华。刚开始，它确实起到了通讯社的作用。不过1949年后，中国政府多次向港英当局建议在香港派驻中共官方代表机构都被拒绝，导致中南海凡遇到需要与港英当局接触联系或交涉的事宜，就授权新华社香港分社出面办理。
在这种特殊的历史条件下，新华社香港分社成了事实上的中央政府驻港机构。比如，1962年10月1日，新华社香港分社举行庆祝酒会，许多国家驻香港外交官员和香港各界代表出席。1978年香港总督麦理浩首次出席了新华社香港分社举办的国国庆招待会，日后历任港督都出席招待会，这其实就是英方默认新华社香港分社的特殊地位。
1997年7月1日香港回归中国。中央政府于1997年9月正式通知特区政府，新华社香港分社系中央授权的在港工作机构。当时的新华社香港分社负责联系内地驻港中资机构，促进香港特别行政区与内地经贸、科技、教育、文化等领域的交流，广泛联系香港各阶层人士，处理港、台往来的有关事务等。新华社香港分社强调，不干预香港特区自治范围内的事务。
1999年12月28日，中国国务院第24次常务会议决定，自2000年1月18日起，新华通讯社香港分社更名为“中央人民政府驻香港特别行政区联络办公室”，简称香港中联办。
